Постановлением Правительства Республики Казахстан от 8 апреля 1996 года № 396 на базе Кустанайского юридического колледжа МВД была создана Кустанайская высшая школа МВД. Постановлением Правительства Республики Казахстан от 20 апреля 1998 года № 348 Кустанайская высшая школа МВД преобразована в Костанайский юридический институт МВД. Постановлением Правительства Республики Казахстан от 30 июля 2004 г. № 806 Костанайский юридический институт из ведения МВД передан в ведение Комитета уголовно-исполнительной системы Министерства юстиции Республики Казахстан.
Постановлением Правительства Республики Казахстан от 10 января 2008 года № 5 Костанайский юридический институт КУИС переименован в Академию КУИС Министерства юстиции Республики Казахстан Постановлением Правительства Республики Казахстан от 2 августа 2011 года № 900 Академия КУИС Министерства юстиции Республики Казахстан была передана из ведения Министерства юстиции в Министерства внутренних дел. Постановлением Правительства Республики Казахстан от 28 декабря 2012 года № 1692 переименована в Костанайскую академию МВД.
Костанайская академия МВД осуществляет подготовку кадров по следующим специальностям: 5В030300 - «Правоохранительная деятельность» по уголовно-исполнительной и административно-правовой специализациям; 5В010300 - «Педагогика и психология» 5В090500 - «Социальная работа»
Лицензия на право ведение образовательной деятельности выдана 20 октября 2011 года Комитетом по контролю в сфере образования и науки Министерства образования и науки Республики Казахстан. В структуру Академии входят Юридический и Научно-исследовательские институты, факультеты очного обучения, заочного обучения, повышения квалификации и переподготовки кадров, 9 кафедр и другие вспомогательные службы.
Академию возглавляет кандидат юридических наук, полковник полиции Бекбатыров Назарбек Жокенович. В Академии работают 3 доктора наук, 28 кандидата наук, 1 профессор, 6 доцентов. В Академии функционируют: 10 научных кружков: «Следопыт», «Дарын», «ПРАВОВЕДЪ», «Зангер», «Военная подготовка», «Психолог», «Информатик», «Полиглот», «Палуан», «Сақшы-На страже». 8 кружков художественной самодеятельности: вокально-хоровая студия, танцевальный кружок, кружок поэтического чтения, домбровый ансамбль, духовой оркестр, команда КВН «Полицейская Академия», взвод барабанщиц и взвод карабинщиков.
Международное сотрудничество с ведомственными учебными заведениями Федеральной службы исполнения наказаний Российской Федерации осуществляется путем взаимодействия в организации совместных научно-исследовательских работ, взаимного обмена научной, учебно-методической литературой, участия в международных научных конференциях, совместных научных изданиях и т.д.
Целенаправленно ведется работа по сотрудничеству Костанайской академии МВД с Вологодским институтом права и экономики ФСИН России, Самарским юридическим институтом ФСИН, с Псковским юридическим институтом ФСИН, Академией права и управления ФСИН (г. Рязань), Владимирским юридическим институтом ФСИН, Воронежским институтом ФСИН России, Челябинским государственным педагогическим университетом.
Заключено 18 договоров о сотрудничестве, в том числе 4 - с международными неправительственными организациями, 12 - учебными заведениями России, 2 - учебными заведениями Республики Казахстан. Академия заключила договоры и соглашения о сотрудничестве с международной неправительственной гуманитарной организацией «СПИД Фонд Восток-Запад», Представительством «Международная тюремная реформа РRI» в Центральной Азии, Костанайским областным филиалом Казахстанского международного Бюро по правам человека по соблюдению законности.